Su primera novela es Yonqui (1953), publicada bajo el seudónimo de Bill Lee, autobiografía de tono todavía realista de un toxicómano, mientras en Tánger escribe un millar de páginas que, gracias a la ayuda de Kerouac, transformará en la famosa trilogía: El almuerzo desnudo (1959), The Soft Machine (1961) y Nova Express (1964). El almuerzo desnudo dio origen a un proceso por obscenidad.
Tras la publicación de la trilogía Burroughs se convirtió en uno de los escritores beat y no beat más interesantes de la segunda postguerra norteamericana.
1953 - Yonqui (bajo el pseudónimo de Bill Lee)
1959 - El almuerzo desnudo
1963 - Nova Express
1985 - Queer (en inglés)
